// WCF принимает Stream от клиента
public void GetStamp(Stream file)
{
    // Посчитаем хеш

    // Перед вызовом метода file.Position = 0
    string hh1 = GetRIPEMD160Hash(file); // Хеш правильный

    // file.Position != 0 (уже не равен 0)
    string hh2 = GetRIPEMD160Hash(file); // Хеш не правильный
}

// WCF принимает Stream от клиента
public void GetStamp(Stream file)
{
    // Посчитаем хеш

    // Перед вызовом метода file.Position = 0
    string hh1 = GetRIPEMD160Hash(file); // Хеш правильный

    file.Position = 0; // исключение 'Specified method is not supported.'
    string hh1 = GetRIPEMD160Hash(file);
}

// Посчитать хеш
public static string GetRIPEMD160Hash(Stream input)
{
    System.Security.Cryptography.RIPEMD160 ripemdHasher =
        new System.Security.Cryptography.RIPEMD160Managed();
    byte[] data = ripemdHasher.ComputeHash(input);
    
    return _GetHashStr(data);
}

public class StreamHasher
{
    private byte[] _Hash1;
    private byte[] _Hash2;

    private HashAlgorithm _HashAlgorithm1;
    private HashAlgorithm _HashAlgorithm2;

    private int _BufferSize = 4096;


    public static string _GetHashStr(byte[] data)
    {
        StringBuilder sBuilder = new StringBuilder(data.Length * 2);
        for (int i = 0; i < data.Length; i++)
        {
            sBuilder.Append(data[i].ToString("x2"));
        }

        return sBuilder.ToString();
    }


    public StreamHasher(HashAlgorithm hashAlgorithm1, HashAlgorithm hashAlgorithm2)
    {  
        this._HashAlgorithm1 = hashAlgorithm1;
        this._HashAlgorithm2 = hashAlgorithm2;
    }


    public void ComputeHash(Stream stream)
    {
        byte[] readAheadBuffer, buffer;
        int readAheadBytesRead, bytesRead;
        long totalBytesRead = 0;

        readAheadBuffer = new byte[_BufferSize];
        readAheadBytesRead = stream.Read(readAheadBuffer, 0, readAheadBuffer.Length);

        totalBytesRead += readAheadBytesRead;

        do  
        {  
            bytesRead = readAheadBytesRead;  
            buffer = readAheadBuffer;      

            readAheadBuffer = new byte[_BufferSize];  
            readAheadBytesRead = stream.Read(readAheadBuffer, 0, readAheadBuffer.Length);  

            totalBytesRead += readAheadBytesRead;

            if (readAheadBytesRead == 0)
            {
                _HashAlgorithm1.TransformFinalBlock(buffer, 0, bytesRead);
                _HashAlgorithm2.TransformFinalBlock(buffer, 0, bytesRead);
            }
            else
            {
                _HashAlgorithm1.TransformBlock(buffer, 0, bytesRead, buffer, 0);
                _HashAlgorithm2.TransformFinalBlock(buffer, 0, bytesRead);
            }
        }
        while (readAheadBytesRead != 0);

        _Hash1 = _HashAlgorithm1.Hash;
        _Hash2 = _HashAlgorithm2.Hash;
    }

    public int BufferSize
    {
        get { return _BufferSize; }
        set { _BufferSize = value; }
    }

    public byte[] Hash1
    {
        get { return _Hash1; }
    }

    public byte[] Hash2
    {
        get { return _Hash2; }
    }

    public string Hash1Str
    {
        get { return _GetHashStr(_Hash1); }
    }

    public string Hash2Str
    {
        get { return _GetHashStr(_Hash2); }
    }
}

// WCF принимает Stream от клиента
public void GetStamp(Stream file)
{
    // Посчитаем хеш

    // Естественно хеш алгоритмы нужны разные, для проверки введем одинаковые
    StreamHasher sh = new StreamHasher(SHA512Managed.Create(), SHA512Managed.Create());
    sh.ComputeHash(file);

    // Обе строки представляют правильный хеш и равны друг другу
    string hh1 = sh.Hash1Str;
    string hh2 = sh.Hash2Str;
}