должен лежать в корневой папке приложения,

Multiple configuration files, all named Web.config, can appear in multiple directories on an ASP.NET Web application server. Each Web.config file applies configuration settings to its own directory and all child directories below it. Configuration files in child directories can supply configuration information in addition to that inherited from parent directories, and the child directory configuration settings can override or modify settings defined in parent directories. The root configuration file named systemroot\Microsoft.NET\Framework\versionNumber\CONFIG\Machine.config provides ASP.NET configuration settings for the entire Web server.

Если такого файла в root-папке, нет, его можно создать, соблюдая XML-схему для конфигурационных файлов. Можно создать такие файлы в любой папке дерева вэб-узла, тогда конфигурация, описанная в этом файле будет относится к соответствующей ветви дерева папок.

timeout относится к Connecton String, то есть в файле конфигурации должен быть раздел <appSettings>, в котором есть <add key=... и далее

Тут есть пример этого файла http://asp.net/IBS_Store/vbdocs/SourceViewer/srcview.aspx?path=empty.src&file=Web.config&rows=0

есть еще Timeout скрипта, но здесь, похоже, речь о соединении с БД, может быть...

Oleg_A67 писал:
1. а как быть если тот же параметр timeout нужно изменить в простом ASP.


Если для соединения , то в в строке соединения, параметрах DSN

если для сессии
<% Session.Timeout=5 %>

или в настройках узла (Home directory > Configuration > App options > Enable session state > Session timeout)

Oleg_A67 писал:
2. Для того чтобы перейти с ASP на ASP.NET, какое программное обеспечение необходимо установить, я так полагаю что-то из семейства MICROSOFT.NET.

.Net Framework 1.1 и прочитать статьи по этой теме (перехода). Во многих случаях предполагается обратная совместимость, или лучше сказать возможность постепенного перевода с одного на другое. Там это описано.