По-моему всё довольно просто - дерево просто нужно отобразить из XML курсора (тоже дерево, кстати) на Tree-view.

Тогда все драг-дропы делаются просто в XML курсоре, перенося кусок XML, это даже можно и из XSLT или из XPath скрутить. а не то что из .NET-овских библиотек. :) Ну и рефреш на Tree-view наслать опосля не забудьте. :)

Если у вас нет опыта, то как с XML обходиться можно на примерах от Майкрософта поучиться - всё работает вроде бы, я только вчера проверял.

Сравнение и мёрдж деревьев XML:
http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/dnxmlnet/html/xmldiff.asp

Куча полезной информации на эту тему:
http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/code/list/xmlgeneral.asp