1. вопрос из серии теплым или мягким.
не важно, это зависит от интерфейса приложения, главное, что запросы на изменение данных должны отправляться post-ом. если в приложении много работы через ajax, много манипуляций со страницей без ее перезагрузки, то логично использовать ajax. если мало, submit формы.

2. модальное - это скорее всего псевдомодальное, то есть оно не окно, а часть того же окна, поэтому "основного" нет.
если обязательно нужно обновить, то нет никакого смысла использовать ajax, гонять первый запрос на удаление, а второй на обновление, да еще окно закрывать. все это делается одним сабмитом.

подтверждение перед отправкой формы делается примерно так: http://htmlbook.ru/html/attr/onsubmit