Anton.,

Всё просто.

Перед публикацией файлы собираются и упаковываются в каталог obj\
После проделанных изменений определяется разница на основе собранных и опубликованных файлов в obj\

Т.е. сравниваются различия не с файлами на сервере, а с файлами, которые были опубликованы, т.е. с локальной сборкой.

Поэтому когда ты публикуешь с другой машины, веб деплой определяет, что в obj\ лежат не те файлы, которые были опубликованы, поэтому публикует всё подряд.

Я рекомендую использовать для публикации веб-проектов (да и других .NET проектов), Octopus .

Anton.hVostt,
Если это так, то почему когда я нажимаю Publish Preview для просмотра того что будет опубликовано, перед построением списка оно подключается к серверу?

Чтобы узнать, какой пакет был опубликован ранее. Грубо говоря. Если тот же, что уже публиковался с этой машины, то будет вычислены различия. Если какой-то другой (даже проект тот же и состав файлов такой же, но с другой машины), то будет пере-опубликовано всё.