Slivaправильно ли я понимаю, что в трехзвенной архитектуре у нас модель(сущность) дублируется во всем слоях?
DAL : модель-EF, BLL : модель DTO, UI : модель view?

Не правильно.

В EntityFramework это модель данных практически в том виде, как они сидят в БД, грубо говоря, один класс представляет собой таблицу (не считая М:М, и TPH), и это не DTO.

Слой бизнес-логики должен отдавать либо объекты доменной модели, или DTO, если архитектура ПО работает с анемичной моделью данных. Хотя и то и другое можно легко совмещать. Эта модель может отличаться и довольно сильно от сущностей для EF, так как абстрагируется от способов хранения, от нормализации и прочего, концентрируясь на том, что нужно бизнесу, а не технологиям.

Для UI модель данных опять же строится отдельно, и отвечает требованиям UI. Например, если у вас грид с 5-ю колонками, то нет смысла тащить +100500 других полей и связей, если они тупо не нужны для отображения.

Посему, ничего на самом деле не дублируется, а если так, то скорее всего ПО сильно примитивное, и представляет собой не более, чем CRUD-редактор базы данных. В таком случае вообще не стоит заморачиваться, а взять что-нибудь готовое.