public class User : IEntity<long>
    {
        ...
        public IList<Page> Pages { get; set; }
        ...
    }

        [HttpPost]
        public ActionResult SaveOrUpdate(User userModel)
        {
            // И вот тут хочется получить уже заполненную коллекцию userModel.Pages
            User user = _userService.SaveOrUpdate(userModel);
            return RedirectToAction("Index");
        }

<td class="ui-droppable" id="userPages">
	@for (int i = 0; i < @Model.User.Pages.Count; i++)
	{
		<div class="ui-draggable">
			@Model.User.Pages[i].Name
			@Html.HiddenFor(x => x.User.Pages[i].Id)
		</div>
	}
</td>
<td class="ui-droppable" id="availablePages">
	@for (int i = 0; i < @Model.AvailablePages.Count; i++)
	{
		<div class="ui-draggable">
			@Model.AvailablePages[i].Name
			@Html.Hidden(string.Format("User.Pages[{0}].Id", @Model.User.Pages.Count + i), @Model.AvailablePages[i].Id)
		</div>
	}
</td>

<input type="hidden" name="User.Pages[0].Id" />
<input type="hidden" name="User.Pages[2].Id" />