На сервере IIS 6.0 есть сайт с простейшей html страничкой, которая доступна и свободно открывается в любом IE. Сканер штрих-кодов,
имеющий операционную систему и работающий через Psion Teklogix Communication Server 9500 при попытке загрузки этой страницы выдает сообщение "Bad Request (Invalid header name)",
для проверки был установлен веб сервер Apache 1.3.33 - страница отображается как и было задумано.

есть ли возможность управлять заголовками котроые отдает IIS

всё просто
сам нашел, после трехдневоного поиска и общения со службой поддержки микрософта:
по умолчанию в реестре отключены заголовки сервера
вылечилось так:
в
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\HTTP\Parameters
нашел параметр:
DWORD DisableServerHeader выставил в 0, всё заработало...

немного помогла статья
http://support.microsoft.com/kb/828726/en-us