Вот моё мнение.
Есть гипотеза, что при переходе на новую версию VC++, VB и других языков корпорации Microsoft, скорость выполнения EXE-шников падает как минимум на 5%. Это при том, что во-первых строки кода почти один к одному совпадают и во-вторых используется то же самое железо. Бороться с этим можно только путём апгрейда железа.
Но в данном конкретном случае, так как скорость упала гораздо больше, чем на 5 процентов, видимо мы имеем дело с временными ошибками, которые будут исправлены одновременно с выходом 1-го сервиспака. Это могут быть и регулярные выражения, как ты заметил, и ещё куча других алгоритмов.
Пременительно к Фраймеворку, ошибки связанные с RegExp должны лечиться, как мне кажется, переходом с C# на VB и использованием оператора Like, так как этот оператор - старый проверенный оператор, поддерживающий маленький набор основных регулярных выражений, работает всегда на хорошем уровне.
Общая рекомендация по 2005-й студии - давайте дождёмся, друзья, выхода 1-го сервиспака. И нам ничего не остаётся, как раскошелиться на новое железо.