во втором случае должно быть быстрее. У SqlDataReader есть ряд методов: GetInt32, GetString и др., посмотри еще DirectCast.
Насчет R("ID").toString() - будет медленнее, конечно, чем использование GetString, т.к. сначала будет преобразование в int32, потом вызов Int32.ToString(), а он в свою очередь использует NumberFormatInfo для культуры текущего потока. В случае с GetString такого нет.
Ощутимого увеличения быстродействия, тут можно добиться обращаясь к столбцам по индексу, а не по имени.
Вообще лучше не пользоваться таким свойством VB.NET как позднее связывание и неявное преобразование, включи Option Strict On и Option Explicit On.