Проверь настройки аутентификации и авторизации в своем приложении - web.config секции authentication и authorization. Посмотри, чтобы были соответсвующие права на доступ к приложению. Проверь, есть ли имперсонализация - web.config секция impersonate. Так же проверь настройки безопасности в IIS на виртуальный каталог приложения.

http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/vsent7/html/vxconiisauthentication.asp
http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/vsent7/html/vxconauthorization.asp
http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/vsent7/html/vxconiisauthentication.asp

А вообще, хотелось бы тут видеть упомянутые выше секции из web.config и настройки в IIS, тогда можно было бы дать более конкретный ответ. Так же стоит посмотреть на права доступа к папке, где лежит приложение.