Ситуация такая есть несколько UpdatePanel и по постбеку можно по отдельности их загрузить.

Не пинайте сильно с Atlas не знаком, но мне казалось что загружаться должны только запрашиваемые данные а потом этот кусок встраиваться в DOM, но кроме этого гоняються по крайней мере все viewstate.

В этом можно убедиться просто отключив viewstate или через утилку Fiddler, просто посмотрев какой HTML приходит.

Можно ли заставить Atlas присылать только те данные которые нужны для UpdatePanel?