Project
    |_ ProjectTasks [Массив]
            |_ Comments [Array]

// получаю индекс задачи
var projectTaskIndex = await collection // collection  - это IMongoCollection<Project>
                .Find(p => p.ProjectID == projectID) // projectID, projectTaskID - перем. содерж. Id проекта и т.д.
                .Project(p => p.ProjectTasks.FindIndex(t => t.ProjectTaskID == projectTaskID))
                .SingleOrDefaultAsync();

// использую этот индекс для обновления 
var updateDefinition = new UpdateDefinitionBuilder<Project>()
                .Set(p => p.ProjectTasks[projectTaskIndex].TaskStatus, "Новый статус");

var updateDefinition = new UpdateDefinitionBuilder<Project>()
                .Set(p => p.ProjectTasks[projectTaskIndex].TaskStatus, "Новый статус")
                .Set(p => p.ProjectTasks[projectTaskIndex].Comments[commentIndex].CommentDescription, "Описание для ...");

Set("ProjectTasks.$[a].Comments.$[b].CommentDescription", "Описание для ...")