Допустим какое-то время нет запросов к сайту.
Сколько минут должно пройти чтобы сработало Application_End и приложение выгрузилось из памяти?

Ну если я не ошибаюсь, то оно срабатывает при перезагрузке вэбсервера.
Таким образом неважно когда был последний запрос, оно не сработает... приложение запущено и работает до победного!
Есть и другое мнение: Application_End- Fires when the last user in the site's session times out
Можете сами засечь: в Session_End запишите время окончания сессии юзера, а в Application_End запишите время останова приложения.
Ну насчет варварских методов типа перезагрузки web-сервера, переписки web.config, global.asax понятно и само собой, а можно ли программно предотвратить выгрузку приложения без того чтобы увеличивать время сессии?

2 Doctor Livsi: А собсно какова самоцель? ИМХО не вижу ничего страшного.
Да проблемы нет, это так для самообразования.
А вобще реализовал таймер в web-приложении, но заметил что он сволочь вырубается через некоторое время (кажись как раз в районе 20 минут ), вот меня и заинтересовал вопрос окончания работы приложения