100% защиты конечно нет, но есть общие подходы как можно даже не защитить приложения от копирования, а усложнить этот процесс. Для этого достаточно порыться в инете, тема эта обширная и ооочень интересная :)

2sp
а вы предоставляете клиенту инсталляцию или сами инсталлируете у него приложение на машине?

Если сами, то можно попробовать воспользоваться стандартными "хитростями" - проверять ключ реестра на наличие при запуске или файла, тоже на наличие. И ключ и файл можно создавать либо вручную, либо написать утилитку, которая будет делать это за вас.
Минусы тут такие, что при переинсталляции сервера ваше приложение работать не будет.

Можно также привязаться к характеристикам машины - IP-адресу, например, обычно у сервера он статичный или имени машины, также к материнке или другому железу. Проблемы теже - при изменении конфигурации без вашего вмешательства приложение работать не будет. Хотя если такой "хитрый" заказчик, то может это и к лучшему?

Понятное дело, что такая защита обходится, как и любая другая, но против тупого копирования прокатит, а там, глядишь, народ призадумается.