1. Для ускорения поднятия метаданных модели можно использовать Precompiled views. Мы из модели code-first в билд-процессе строим EDMX и вьюхи, все сохраняем в ресурсах сборки. Билд всего этого хозяйства (1300 классов в модели с кучей навигаций между ними) занимает секунд 40, зато в рантайме поднимается за 3 секунды.

2. Запросы к иерархиям TPT, действительно, не самые быстрые. Более того, EF не строит precompiled views для дочерних типов любых иерархий, и первый из запросов к иерархии в рантайме достраивает эти вьюхи в метаданных. Таким образом, если есть способ не делать иерархию - лучше ее не делать. Если есть возможность вместо TPT сделать TPH - лучше сделать так. В отдельных сценариях неплох и TPC.

3. В коде EF действительно есть тормозные места. Мы выявляли их профилированием и правили в исходниках EF. Так, генерацию плана запроса удалось ускорить почти в 2 раза. Также дорабатывали плюшки, например, для использования временных таблиц и динамического SQL в запросах LINQ. Наличие самопального кода, конечно, может потенциально затруднить переход на очередную версию EF, однако MS что-то на EF6 подзабила, а EF7 настолько сырой, что использование его в продакшене пока не представляется возможным. Те же иерархии TPT пока что не реализованы, более того - находятся в самом конце roadmap. Возможность смешивать TPT и TPH в одной иерархии (у нас есть и такое) вообще в EF7 объявлена как deprecated.

PS Кстати, веселое обсуждение issue на гитхабе https://github.com/aspnet/EntityFramework/issues/2266
Здесь представители MS объявили TPT антипаттерном, а разъяренные юзеры таки-продавили включение TPT в roadmap.