//Выбираю записи, для которых есть дубликаты
query = database.Select("select t.1,t.2,t.3 from (SELECT count(*) c,1,2,3 FROM table group by 1,2,3 t where c>1");
while (query.Read())
{
 //нахожу все дубликаты для соответствующей записи
 query2 = database.Select("SELECT ID FROM table WHERE 1='" + query[0].ToString() + "' AND 2='" + query[1].ToString() + "' AND 3='" + query[2].ToString() + "'");
 query2.Read();
 //id единственной остающейся записи
 String verId = query2[ 0 ].ToString();
 // перечень удаляемых id
 String delId = "";
 while (query2.Read())
 {
    delId += query2[ 0 ].ToString() + ",";
 }
 delId = delId.Substring( 0 , delId.Length -  1 );
 query2.Close();
 //обновляю ссылки в ссылочной таблице
 database.Update("UPDATE table2 SET col_ID="+verId+" WHERE col_ID IN ("+delId+")");
 //удаляю записи-дубликаты
 database.Update("DELETE FROM table WHERE ID IN ("+delId+")");
}
query.Close();