есть список договоров (Agreements), у каждого договора есть список "линий" (AgreementLines), как получить через LINQ количество всех линий, всех договоров?

AgreementLines - это не отдельная коллекция
Agreement.AgreementLines
то есть надо пробежаться по всем Agreement и по всем AgreementLine и получить коллекцию всех ID

List<Guid> list = new List<Guid>();
foreach (var agreement in budgetLine.Agreements)
{
list.Add(agreement.Oid);

foreach (var item in agreement.AgreementLines)
{
list.Add(item.Oid);
}
}