Способ #1 (если класс с его чайлдами не раскидан по куче таблиц)
У класса заводишь следующие поля(помимо тех, что ему нужны)
1) Кто изменил
2) Когда изменил
3) Кому изменил Номер версии
4) (булево) является ли последней версией?

Когда сохраняешь объект, у текущего объекта ставишь в false что он текущая версия, делаешь его копию и её сохраняешь (номер версии ставится хибернейтом автоматически)

Способ #2 - когда объект со сложной структурой
Помимо своего класса заводишь табличку вида
1) Кто
2) Когда
3) Тип объекта, который поменялся
3.5) Id объекта
4) XML/JSON представление объекта до изменения
5) XML/JSON представление объекта после изменения
6) XML/JSON представление изменений в объекте

В этом случае история хранится отдельно, причём история может быть для всех объектов
Я пробовал оба способа, второй мне очень понравился, когда я ещё и сохранял код, который показывает объект - тогда изменение структуры класса (например, добавилось одно поле и удалилось три) не мешает смотреть, как выглядел объект год назад (поскольку в базе и объект, и код, который объект рисует на форме)