ferzmikk, не гонитесь за необъятным, в этом деле всё запущено.
Чё-то для явы такое есть, с прикручиванием к проге на яве, но всё это отдельная работа.
Главный и с бородой вопрос, я думаю, как автоматизировать написание проги исходя из блок-схемы.

По моей практике нескольких лет создания и поддержки доков устойчивых к изменениям : чем меньше элементов, тем легче модифицировать. Дробить доку на куски гиперссылками. Меньше пишешь - меньше меняешь (например, вводить требования к квалификации групп юзеров.) И т.п.

Потребители схемы. Красивого универсального для юзеров всех уровней документа на боле-мене громоздкий проект быть не может. Соответственно нужно несколько типов донесения инфы. Один аналитик/рограммист "ниасилит". Комментировать схемы, чтобы "на пальцах" объяснить рабочие процессы, тоже надо уметь. "Профессиональные" тех.писатели так же плохо понимают программистов, как и рабочие процессы (читали хелп ексела по статистике?)

BPMN/BPEL - красиво, но ничто не ново под луной. С первых же примеров видно смесь ИДЕФов и "ручейковых" + события ЮМЛов, т.е. понимания их достаточно. Да, конечно, должен быть закон , использовать только конкретные элементы. Кричать, мол, это корпоративный стандарт, недостаточно: придёт другой (хоть бы и директор) и скажет, что стандарт д.б. другой ... или ну его нафик ...

Один раз нарисовать что-то (ТЗ, схему, пргу, доку ...) красиво могут все. Но кто будет подддерживать изменения, и кто и что будет заставлять их это делать?
Есть такой метод изменений в проге как "заплатка". Со временем растут заплатка на заплатке, а кто захочет реорганизовывать прогу, чтоб было красиво? Точно так же и со схемами. Рисовальщики даже более ленивы, и со временем формальная схема станет мало понятной.

Bizagi я только http://habrahabr.ru/post/273017/%5D%D1%8D%D1%82%D0%BE]http://habrahabr.ru/post/273017/]это читал, Картинки красивые, да.

Про явскую ссылку сейчас не скажу, тех людей нет, м.б. через неделю ...

Такое хотелось бы как то гибко дорабатывать инструкции, видеть изменения, эволюцию наверное только в системе версий можно, визуальным сравнением, понятно, что только для текстовых файлов. Т.е. для вычитывания отличий надо уметь читать на ХМЛ без словаря. Из бесплатных GIT.