|
|
|
нахождении набольшей общей последователности (LCS)
|
|||
|---|---|---|---|
|
#18+
Многим надеюсь известна задача о нахождении набольшей общей последователности aka "Longest Common Sequence". У меня стоит схожая задача но с допонителным ограничением, что должна выдерживатся минималныя длина подпоследователности. Другими словами если рассматривать 2 последовательности: 1: AGCAGCAGC 2: AGAGAC то стандартный LCS: |AGAGAC| = 6 Если же внисти ограничение на мин длину подпоследователности = 2 то результат будет уже другой: 1: AG(C)AG(CAGC) 2: AG AG(AC) |AGAG| = 4 Меня интересует в первуй очередь длинна этой последовательности. кто видит/знает эфективный алгоритм нахождения этой длины. ... |
|||
|
:
Нравится:
Не нравится:
|
|||
| 10.07.2017, 17:17 |
|
||
|
нахождении набольшей общей последователности (LCS)
|
|||
|---|---|---|---|
|
#18+
Реалная задача не из биоинформатики. Но вектор поиска верный и привел пока сюда. ... |
|||
|
:
Нравится:
Не нравится:
|
|||
| 10.07.2017, 18:43 |
|
||
|
нахождении набольшей общей последователности (LCS)
|
|||
|---|---|---|---|
|
#18+
Продолжая тему, написал вот такой метод. Код: java 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 25. 26. 27. 28. 29. 30. 31. 32. 33. 34. 35. 36. 37. 38. 39. 40. 41. 42. 43. 44. 45. 46. 47. 48. 49. 50. 51. 52. 53. 54. 55. 56. 57. 58. 59. 60. 61. 62. 63. 64. 65. 66. 67. 68. 69. 70. 71. 72. 73. 74. 75. 76. 77. 78. 79. 80. 81. 82. 83. 84. 85. 86. 87. 88. 89. Работает но медленно. Сложность O(n*m) где n и m размерности строк. Собственно зачем мне нужна эта функция. У меня есть К шаблонов и мне необходимо для одной строки найти наиболее подходящий из них. Как критерий подходящего выбирается шаблон с максималной длинной общей последователности. Строка берётся из файла и всё это в цикле. получается для каждой строки и для каждого шаблона необчодимо вычислять длинну максималной обшей последователности. Уже при 60 шаблонах обработка 80 Килобайтного файла занимает ... а у меня бсего 600 МБ этих файлов. Какие будут мысли у сообшества по оптимизации алгоритма? ... |
|||
|
:
Нравится:
Не нравится:
|
|||
| 13.07.2017, 11:58 |
|
||
|
|

start [/forum/topic.php?fid=16&msg=39486027&tid=1340339]: |
0ms |
get settings: |
6ms |
get forum list: |
9ms |
check forum access: |
2ms |
check topic access: |
2ms |
track hit: |
150ms |
get topic data: |
7ms |
get forum data: |
2ms |
get page messages: |
26ms |
get tp. blocked users: |
1ms |
| others: | 204ms |
| total: | 409ms |

| 0 / 0 |
