0 => а
1 =>
   0 =>
      0 => у
      1 => ф
   1 => 2
2 => c

0 => а
1 =>
   0 => у,,ф
   1 => 2
2 => c

function parse(&$arr, &$str, $start = 0){
  $el = 0;
  $arr[$el]="";
  while ($start<count($str)){
    switch($str[$start]){
      case "/" : $arr[$el] .= $str[++$start]; break;
      case "," : $arr[++$el]=""; break;
      case "<" : $arr[$el] = array(); $start = parse($arr[$el], $str, ++$start); break;
      case ">" : return $start; break;
      default  : $arr[$el] .= $str[$start];
    }
    $start++;
  }
  return $start;
}

$arr = array();
$str=str_split("x,<1,input/, textarea and button>,y,z"); //что бы с кодировками не заморачиваться бьём в массив
parse($arr, $str);
var_dump($arr);

// таблица замен
, => @zpt
( => @obr
) => @cbr

// наращивание сетки

1@zpt @obr1@cbr, 2@zpt @obr2@cbr 
   => 1@zpt @obr1@cbr, (1@zpt @obr1@cbr, 2@zpt @obr2@cbr)
   => 1@zpt @obr1@cbr, ((1@zpt @obr1@cbr, 2@zpt @obr2@cbr), 2@zpt @obr2@cbr)

// резульат парсинга

0 => 1, (1) 
   0 =>
      0 => 1, (1)
      1 => 2, (2)
   1 => 2, (2)

// таблица замен
, => \,
( => \(
) => \)

// таблица замен
, => \,
( => \(
) => \)
\ => \\

// таблица замен
, => \,
( => \(
) => \)
\ => \\

"x,<1,input/, textarea and button>,y,z"

$input = "x,<1,$input/, textarea and button>,y,z"

function escape_str($str){
  return str_replace(array('/', ',', '<', '>'), array('//', '/,', '/<', '/>'), $str);
}

$input = "x,<1,".escape_str($input)."/, textarea and button>,y,z"

$input = "x,<1,x/,/<1/,///, textarea and button/>/,y/,z/, textarea and button>,y,z"