Начать с самих алгоритмов:
1) Сделать асимптотический анализ обоих алгоритмов.
2) Замерить линейные куски алгоритмов и умножить их на соответствующие O(f(n))
Полученные значения будут отражать ожидаемое время выполнения на некоем абстрактном железе.

Если ожидаемое время выполнения не совпадает с реальным на каком-либо железе, значит это железо вносит свои коррективы: кэши памяти, (не-)производительные внешние накопители и подобное. Тогда уже можно будет смотреть по факту железа и искать место проблемы - какой из линейных кусков выполняется неожиданно долго.

Если обе задачи распараллеливаются, то еще одним проблемным местом может быть само распараллеливание и синхронизация. Это уже обычно зависит от ОС и используемых механизмов распараллеливания.