TopSpace,

Я бы предложил минимизировать относительные пути. То есть, если из исходников проекта 1 более вероятен переход к картинкам проекта 1 - группировать по проектам, если к исходникам проекта 2 - по типам.

TopSpace,

Сами понимаете, что по большому счёту это вопрос приоритетов - жить можно как с одним, так и с другим. Я предлагаю в качестве приоритета группировки степень сопряжения данных - чтобы, грубо говоря, для выбора директории на первом уровне нужен был минимум информации о том, до чего мы хотим добраться.
Вот у меня есть набор проектов. В каждый конкретный момент времени я работаю над каким-то одним, другие могут использоваться либо как образцы, "как там я уже похожую задачу решал?" - что бывает относительно редко; либо я включаю уже собранные библиотеки и когда-то скачанные по другим поводам сторонние бинарники. Соответственно, у меня в папке "Документы" есть папки всех проектов, плюс пара папок "библиотеки" (свои+сторонние). В папку проекта включаются жёсткие ссылки (junction) на папки нужных сторонних библиотек, создаётся папка с примерами входных данных, папки конкретных подпроектов (проектов студии/Qt/Inno Setup/whatever), папки с прочей информацией. Всё, дальше в течение работы над проектом из этой папки проекта я практически не вылезаю. Соответственно, когда мне нужна какая-то информация, она заведомо относится к какому-то проекту и я знаю, где её искать.

На мой взгляд, первичное разбиение по типам оправданно только в том случае, если в конкретный отрезок времени работа по какой-то причине ведётся с данными определённого типа, но могут быть прыжки между проектами.
Также следует помнить, что в Windows 7 введена механика пользовательских библиотек - вирутальных папок, объединяющих папки с тематическими данными. Если потребность в поиске по типу насущна, в "семёрке" можно создать библиотеки "Код", "Видео" и т.д. и занести в них соответствующие папки проектов. Практически я этим пользуюсь только при просмотре фильмов (т.к. реальные папки с ними разнесены по разным физическим дискам).