gnu версия работает со всем что только есть (и еще только будет) в природе.
Другое дело что makefile написаный для борландового make не будет правильно обработан gnu make'ом...

А посему выходов четыре:
1) Переписать дельфевые сценарии на gnu диалект.
2) Смотря как ты запускаешь сборку: либо прописываешь отдельные пути внутри IDE's, либо делаешь .bat файл в котором настраиваешь все переменные окружения и из него запускаешь IDE/cmd/или из чего ты там компилируешь.
3) Делаешь пару .reg файлов и кидаешь их на десктоп. Кликаешь по .reg, он заменяет все что нужно в окружении для этого сеанса работы.
4) Работай на двух машинах или под двумя разными юзерами.

Я в свое время пошел по первому пути. Борландовский диалект проще, но после плотного знакомства с gnu: "какой же этот борланд убогий..."