Количество файлов в одной директории для NTFS - достаточно велико, чтобы о нём вообще говорить. Это ограничение конечно существует, но думаю, вы его не достигните.

Есть конечно неудобства при работе с файловыми менеджерами. FAR слишком медленно открывает большую директорию (очевидно пытается прогрузить весь список в оперативку).

Так-что юзайте.

Хотя, если посмотреть на кеш IE, можно заметить, что она разбит на несколько директорий с хеширующим именем. Очевидно это оптимизация поиска по точному совпадению. Всё-таки извлечение из хеш-таблицы занимает меньше времени чем поиск по B+Tree. И хотя хеш полностью не устраняет деревья, но такой метод поиска сокращает глубину дерева.

Nick Anikinа обрабатывать файлы по-одному не получится? первой утилитой, потом второй, потом убил а не создал 500 тыщ, обработал двумя утилитами, убил 500 тыщ

Зависит от особенностей производства ИМХО. Если это данные по траффику - то вполне может быть. Хотя количество файлов поражает. Есть мысль что можно было-бы как-то их объединить однородные файлы в группы и слить в один.