Найдите критерий, по которой можно определить, что текущая строка содержит данные или это сообщения программы. Иногда это можно сделать по отношению к блоку данных. Например после блока данных идет пустая строка.
Я нечто подобное писал для разгребания логов циски, разбора файлов ацп, видеокамеры. В каждом конеретном случае свое решение. Иногда даже можно обойтись возможностями cmd файлов.

C++ именно к таким задачам и нужно применять. Из высокоуровневого, если вы пользуетесь MSSQL2000, то там есть DTS. Он может засавыть данные из структуированных текстовых фалов. Но файл ясное дело должен быть без мусора. А вот мусор вычещать на с++ - самое то. Особенно, когда логи на 100Мб. Моя программулина цисковский лог такого вида:

Accounting data age is 0
Time 15:12:37,68
Date 27.02.2004

Source Destination Packets Bytes

yy.xx.xx.xxx yy.xxxxx.xxx 87 8814

yy.xx.xx.xxx yy.x.xx.xxx 8 356

yy.xx.xx.x yy.x.xx.x 38 1658

10.14.61.34 10.1.100.120 8 1328

Accounting data age is 0
Time 15:11:38,89
Date 27.02.2004


Source Destination Packets Bytes

yy.xx.xx.xxx yy.x.xx.xxx 1 46

yy.xx.xx.xxx yy.x.xxx.xxx 12 1491

Т.е. статистика снимается за определенные интервалы времени и накапливается в один файл. Причем между колонками - не пробелы, в конце строки, тоже какая-то моча. Этот лог конвертится к удобному для импорта(даже в эксель) вид:
27.02.2004 15:11:38,89 yy.xx.xx.xxx yy.x.xx.xxx 1 46
27.02.2004 15:11:38,89 yy.xx.xx.xxx yy.x.xxx.xxx 12 1491
и.т.д.
Если нужно - вышлю прогу.

Если в логе нет даты и времени, то прога вставит в качестве даты 1980го и время 00:00:00,0
У нас время и дата вствляются на самом деле в батнике. После выема стстистики из циски, она сбрасывается. Потом в екселе можно построить графики загрузки по времени в разрезе адресов.
Прогу отсылаю мылом. Попробуйте.