В 2003-м здесь это уже обсуждалось, но найти не смог...
Я использую следующую методику:
1. На сервер выкладывается обновленная версия программы.
2. Приложение при его запуске проверяет наличие обновления.
3. Если новая версия обнаружена, "старое" приложение перетаскивает его
в "свою" директорию, запускает вспомогательное приложение (Replacer),
а само завершает работу.
4. Replacer закрывает ВСЕ приложения с определенными именем,
убивает старый exe-шник и запускает новый.
В приаттаченном архиве пп. 2-3 реализует модуль Replacement,
а п.4 - Replacer.