Если база открыта в разделенном режиме (а не монопольном) ее можно скопировать ФАРом или Total Commander'ом

Если нужно автоматизировать процесс - поищи архиватор, который работает с залочеными файлами

Учти, что если в момент копирования/архивирования проводится документ, ты получишь информационную базу в неадекватном состоянии и по крайней мере нужно будет перепровести документы при восстановлении из архива