мои любимые Prolog :
-----------
free:
-----
tuProlog - на базе Java, хорош в связке с Java программами на J2SE and J2EE , часто использую его в последнее время

Arity-Prolog - один из "древнейших", реализован только под Windows ( раньше был коммерческим ), отличный Пролог в нем реализована вся классическая функциональность по Edinburg-прологу

SWI-Prolog - один из "древнейших", реализован под все платформы на C++, реализация считается учебной для университетов, но на нем написано очень много интересных пакетов

commerce :
---------------
Minerva-Prolog - на базе Java, особо хорош в связке с J2EE (кстати, защита ломается "на раз", гспода японцы не озаботились обфускатором :)

JIPProlog - на базе Java, особо хорош в связке с J2SE ( пакет защищен обфускатором! ), лично мною тестирован для русского языка для автора реализации - Ugo Chiriko
Сейчас является shareware :( , ранее был - free ..

******************

вообще , есть очень много реализаций - ищи в Google например по "java Prolog"