меняйте курсовую, слишком скользкая тема, на которой при удачном раскладе для куратора можно сделать степень. чего подавляющее бльшинство и добивается. по факту - линукс или виндовс или юникс ни с какого боку не регламентируют поведение, начинку, драйвера и чуствиттельность железа. и это промышленное мнение. не найдете вы стандартов на эту тему. может быть застандартизовано применение конкретной платы, могут быть интерфейсы, в рамках бумажных правил, но по факту -выйдет у вас осцилограф с погрешностью АЦП звуковой карты+ дрова этой самой карты + оболочка в меру вашего разумения и предпочтения. вобщем плохой курсач - и надо с таким бороться. например - указать общую структуру сего устройства и предложить более простой и компактный вариант, что не маловажно в исполнении более простой. Например - АЦП какое есть и его использование.... и тп . и тд...
По первому посту - не знаю линукса, но обращаться вы будете точно через дрова железки, которая предоставляет этот самый line in. Как видится - есть карта - есть дрова, есть поделка - дрова надо достать, иначе никак. А по алгоритмам - АЦП не больше и не меньше, остальное все надстройки.

тогда вам прямой путь в интернеты. там и QT и swing и еще куча красивых слов. От себя добавлю только - не тратьте время, как получится, так получится.