AISЕсть ПО предназначенные для виртуализации приложений (Portable).
Как обстоит дело в случае если ПО использует какое-нибудь стороннее ПО (например бесплатный просмотрщик презентаций), оно тоже может быть "включено" в результирующее ПО-Portable или его придется все-таки инсталлировать дополнительно?

Смотря от какой компоненты зависит.
Есть специальное ПО, которое умеет работать с дотнетовскими прогами.
По идее можно одновременно и две нужные программулины поставить, и потом их в одном пакете обьеденить, например можно взять и склеить этой .