my $objects = (
	['A', 'B'],          # первый объект, свойства A, B
	['B', 'E'],	     # второй объект, свойства B, E
	['E', 'A', 'C'],    
	['G', 'F', 'H'],
	['F', 'G'],
	['Z'],
	['Z'],               # Один и тот же набор свойств может встречаться в нескольких объектах
);

$groups = ( [A, B, E, C], [G, F, H], [Z] ); 

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;

my @objects = (
	['A', 'B'],
	['B', 'E'],
	['E', 'A', 'C'],
	['G', 'F', 'H'],
	['Z'],
	['Z'],
);

# список групп 
my @groups = ();
 
# вспомогательный хэш для ускорения поиска (свойство => ссылка на группу)
my %feature2group;

for my $object (@objects) {
    # ищем группу, которой принадлежит объект
    my $group;
    for my $property (@$object) {
        last if $group = $feature2group{$property};
    }

    # если не найдено ни одной группы, создаем новую группу. 
    unless ($group) {
        $group = {};
        push @groups, $group;
    } 

    # добавляем в группу из объекта все отсутствующие в группе свойства
    for my $property ( @$object ) {
        unless (exists $group->{$property}) {
            $group->{$property} =  1 ;
            $feature2group{$property} = $group;
        };
    }
}
print Dumper \@groups;