Есть сертификат в формате CER защищенный паролем, нужно получить его PCCERT_CONTEXT.

Точнее говоря, нужно повторить, используя MS CryptoAPI, следующий код на .Net:

public static void EncryptAesKey(byte[] payload, string encryptionCert, string encryptionCertPassword, string outputFilePath)
{
X509Certificate2 cert = new X509Certificate2(encryptionCert, encryptionCertPassword);

using (RSACryptoServiceProvider rsa = cert.PublicKey.Key as RSACryptoServiceProvider)
{
byte[] encryptedKey = rsa.Encrypt(payload, false);
File.WriteAllBytes(outputFilePath, encryptedKey);
}
}