Когда запускаю R через командную строку,
предыдущие Глобальные параметры R почему не видны для R, приходится в каждом следующем скрипте
заново делать все предыдущие вычисления.

как-то можно сделать чтобы глобальные параметры сохранялись ?
сейчас в скрипте прописано q() /y но это не помогает ...