Практика опенсорса показывает, что сильные стороны wiki создают определенную специфику при её использовании для нетривиальных задач.

1) Вики ориентирована на совместную работу. Соответственно, если у вас много людей будет вкладываться в документацию - это нормально. Если нет - плохо.
2) Вики самоорганизующаяся, и исходная точка - это контент (а вовсе не страница с темами). Проще говоря, сначала пишется контент. Как только его становится чуть больше - можно и некие ссылки повесить (хоть списком). Еще больше - можно будет обозначить разделы. И т.д.
Можно заранее наметить *самые* основные разделы, которые уж по-любому должны быть. Но всё-таки лучше, чтоб потребность организации возникала естественным путем, по мере добавления контента.

То же самое с шаблонами.

Вполне возможно, что потребуется выделять отдельные должностные обязанности по "присмотру за вики". В случае опенсорса недостатка в желающих причесать и раскрасить страницы нет, а вот в закрытом проекте ситуация другая.