virus_system,

Лет пять назад делал такую штуку на яве. Прямоугольники соединялись ломаной в двух местах линией (т.е. вертикальная и горизонтальная, не под углом).
Были компоненты (то есть, наследники от класса JComponent) типа прямоугольника (может быть картинка отображена, надпись или что захочется), эти штуки имели в качестве поля список "хвостов". Хвосты имели ссылку на перекладину между хвостами. Этого было вполне достаточно, чтобы рисовать диаграммы с перетаскиванием объектов (у перекладин тоже были ссылки на два хвоста). При перетаскивании только координаты хвостов (что в списке объекта) и перекланин смотреть надо.
Хвосты могут, например, только в пределах своего прямоугольника перетаскиваться, а перекладины в пределах хвостов по вертикали или по горизонтали, в зависимости от контекста. Может плохо объяснил, зато забесплатно.