Смотря какие БД. В некоторых есть...

Как я понимаю, здесь что-нибудь одно:
- или использовать встроенные средства БД - тогда они специфичны для каждой и запускаются из БД, а не из ОС
- или писать некую свою прогу, которая будет работать на некотором множестве БД. Хотя вполне возможно, что в этой проге будет стоять CASE, и в зависимости от вида БД, будет запускаться одна из ветвей, т.е. фактически эта прога просто будет когломератом нескольких прог...

Еще надо учесть, что
1. БД могут быть расположены на разных компах
2. ОС для БД м.б. отнюдь не Win (а судя по статистике, чаще всего не Win, если не ограничиваться MS SQL)

Задача кажется довольно востребованой, наверняка что-то есть

Мне такая задача (универсальная, а не специфическая для БД) не кажется такой востребованной. Когда решаются подобные задачи, то помимо принципиальной возможности синхронизации должны рассматриваться также и вопросы производительности / эффективности , а это вещи оч-ч-чень специфические для каждой БД.
Например (сейчас говорю с точки зрения Oracle), для эффективной синхронизации желательно иметь какие-то логи (вспомогательные таблицы), где накапливаются изменения с момента последней синхронизации, чтобы не просматривать каждый раз все записи таблиц. Естественно, в базе должен существовать процесс, который занимается заполнением этих логов и их очисткой после выполнения синхронизации (в Oracle это решается с пом. MATERIALIZED VIEW и MATERIALIZED VIEW LOG).
В других базах подобные вещи решаются по другому...