Если используется связка PHP + MySQL, то концепция интернет-магазина довольно неплохо расписана в книге "Л. Томсон, Л. Веллинг - Разработка WEB-приложений на PHP и MySQL". Возможно, на полноту сведений не претендует, но основные вопросы и идеи, связанные с разработкой сайта электронной торговли рассмотрены довольно подробно. Книга позиционируется скорее как учебник по PHP и MySQL, но сквозным примером там как раз идет разработка интернет-магазина ( рассмотрены вопросы безопасности, аутентификации пользователей, заказы, создание покупательской тележки и т.д. ).