Точно не помню, и поэтому утверждать не буду, но, кажется, в утилитах для многих видеокарт есть такие функции управления рабочими столами (NVidia, ATI).
И второй вариант -- написать самому! Я лет 7-8 назад писал такую программку под NT 4.0 и Win2k... но не дописал.
Столкнулся со следующими проблемами:
- разрешение для обоих мониторов должно быть равным;
- переключаться между десктопами нужно только "вручную";
- нет единого пространства рабочего стола;
- все "горячие клавиши" регистрируются только для десктопа по умолчанию (т.е. первого) -- это значит что такие комбинации как "Ctrl+Alt+Del" будут срабатывать только не первом десктопе.
Были и ещё какие-то мелкие неудобства, но я уже всего не помню.
В общем если есть желание, копать нужно в сторону CreateDesktop, EnumDesktop и пр. На MSDN все это есть.