AISНО уникальные ID во всех ключевых таблицах свои
Тут двояко можно понять.
То ли ID в разных базах свои то есть не пересекаются, то ли свои то есть возможно и пересекаются :)

Допустим ID могут пересекаться.
Тогда во всех базах расширяем столбцы с ID (включая связи) на несколько цифр и в каждой базе в этих старших цифрах делаем свое значение

Например было:
create table doc (id numeric(5) primary key ...)
ID - 1, 2, 3 в каждой базе

стало
create table doc (id numeric(7) primary key ...) (предположем что 100 филиалов)
ID - 0100001, 0100002, 0100003 в 1-й базе, 0200001, 0200002, 0200003 во 2-й базе ...

Это делается естественно только для таблиц не являющихся общими справочниками.

Далее. Для отчетов физически базы можно либо сливать в одну схему, либо каждую базу в отдельную схему загружать, и создать одну схему с view по таблицам из всех схем.
create view doc as
select * from base1.doc
union
select * from base1.doc
...

У нас мы делали вариант с view.
Но у нас данных было не сильно много - базы только по несколько Гбайтов.
Если базы большие, то лучше после устранения пересечения ID настроить репликацию из всех баз в одну схему.


Но вообще эта тема не такая простая. Очень много технических и организационных проблем придется решить.
Если есть возможность отказаться от сведения в одну базу, то я бы не стал связываться :)

AISА как быть, если есть общие по тематике справочники и в них есть как совпадения, так и различия?
Например, в таблице-клиент в разных БД может быть один и тот же клиент, но по факту с разными ID в каждой БД.
Справочники вводимые юзерами необходимо разделять по ID.
И надо модифицировать систему отчетов, чтобы в при выборе из справочника в фильтре отчета скрывались дубликаты по отображаемому имени. А выбранная запись внутри разворачивалась в список ID и применялась к отчету.

Никто не обещал что будет легко :)

mgl_wwwПравда придётся поудалять все внешние ключи, а потом восстанавливать. Та ещё работка.
Автоматизируется за 5 минут :)