Перешли с SQL Server 2000 на SQL Server 2008 пол года назад.
Код отображается без проблем.
Я бы попробовал создать новую процедуру.
Если бы и она отображалась в одну длинную строку, то искал бы решение проблемы среди параметров "Tools/Options".
Если бы она отображалась нормально, то искал бы проблему в том, как переводили процедуры с Server 2000.

Good Luck !