По-моему, как-то коряво сформулирован вопрос. Вопрос не очень понятен, ибо произошла подмена понятий:
1. Project->Application wizard не создает проект.
2. Чтобы перегенерить проект достаточно Run->Full Build Workspace .
3. Чтобы создать проект заново нужно New->Workspace и т.д.

Попробуй сформулировать вопрос иначе. Ибо не очень понятно, на каком этапе у тебя лезет ошибка...

Ну теперь понял, о чем шла речь. Тогда могу дать лишь общие советы:
1. Сделать Full Build Workspace
2. Проверить все ли правильно указал, как-то:
а. *.pbr -р файл.
б. Build Options - лучше поставить просто Full Build и ничего
более.
в. Не генерить машинные коды.
г. Build *.PBD

Хм-м-м...
На PB5 была у меня проблема с Deploy . Но она заключалась в том, что создание проекта шло успешно, но перед непосредственным созданием *.exe вылетала ошибка. Это лечилось удалением временных файлов, которые PB генерил при создании проекта. Но, вероятно, до данного шага ты даже еще и не добираешься. Больше, видимо сказать ничего не смогу... А простые проекты ты можешь генерить? Ну, типа, состоящие из одного окна? Если "Да" , тогда проблема определенно в твоем проекте , если "нет" - в самом PowerBuilder ...

To DIGITALPRO
В данном случае, нужно было выбирать самые простые настройки, чтобы понять что же все таки не работает. Поэтому я так и написал.

Что же касается генерации машинного кода, то уже был подробный базар на сей счет. Если не лень, погляди Build and deploy PowerBuilder Application