Да, сталкивался, к сожалению. При переносе старого проекта. Постоянно глючил и не давал переносить. Сделал 2 момента и пока все работает:
1. Создал новую pbl, из сарой все экспортнул в файлы. И потом долго и муторно импортировал это в новую PBL. Рекомендую на каждом шаге импорта (я тащил кусками) делать бэкап, несколько раз все падало, приходилось с бэкапа подниматься.
2. Потом делал мигрэйт и полный ребилд.
3. Убрать из глобальных переменных все те, которые часто меняются. У меня там была парочка :)
4. Неправильно поставлен билдер был. Проверьте у себя. У меня щас такая последовательность: 900 (5507 вроде), потом 901 (6533), потом уж последовательно EBF.
5. Кстати, сам сайбес (российское представительство) не рекомендует без надобности патчить EBF. Если вам конечно это не приперло к стенке (нужный BUG FIX). Лично я пока сижу на MR и не собираюсь EBF пока накатывать.

И напоследок, ну почему для билдера не сделать процедуру импорта либо с отключением проверки для объектов либо уж загонять их не в порядке наименования а строить дерево зависимостей и уж тогда... хотя нет, с отключением проще задачка :)