Надо на сервере сделать хранимую жаба или си процедуру и запускать её из билдера

Конечно, делается процедура на сервере:
create or replace
procedure proc1(arg1 in out, arg2 out, ...........)
as language java
name ...........

В билдере:
DECLARE proc_oracle PROCEDURE FOR
proc1(arg1 =>:InParam1, arg2 => :InParam1...........);
EXECUTE proc_oracle;
FETCH proc_oracle INTO :l_var1, :l_var2 .......;
CLOSE proc_oracle;