Эксперемент показал что скрипт в xsl не отработал.
Тоесть была воссоздана ситуация когда на xml был натравлен xsl, в одном из шаблонов которого был записан js.
Если ситуация такая то - либо не реализуется либо реализуется через одно место.
Вариант 2-й
на xml натравливается xsl , который формирует из xml выходной файл по ходу действия засовывает в него js. И вот при запуске уже сформированного выходного файла (если выходной формат htm/html) вероятнее всего что js запуститься и сможет задать с помощью какого xsl обработать html страницу.
В общем надо эксперементировать