maXmoНасколько я себе представляю процесс, XSL-FO конвертируется в пдф неким конвертором. Наверно надо читать доки по конвертору, как он там видео вставлять позволяет.

Да, именно так.
Однако не все конверторы обеспечивают эту возможность.
Например, в Eclipse документ в формате DocBook (это xml-разметка) поддерживает медиа-объекты и конвертирует их, например, в html-формат.
Однако при конвертировании такого документа в PDF-формат встроенным в Eclipse конвертором медиа-объект просто игнорируется.
Можо попробовать следующие варианты:
1 найти конвертор, который выполняет вставку медиа-объектов при конвертировании xml-документов в PDF и посмотреть в промежуточном файле типа .fo как выглядит эта конструкция (чтобы потом в любом .fo-файле можно было вруную её вставлять);
2 поискать в спецификации языка FO (Formating Object) конструкцию для вставки медиа-объектов и вставлять её вручную в промежуточные файлы .fo (которые затем конвертируются в PDF).

в продолжение ...
Попробовать:
3 вставить ссылку на медиа-объект
4 вставить медиа-объект в уже готовый PDF-файл.