var fso = WScript.createObject("Scripting.FileSystemObject");
var xml1 = WScript.createObject("Scripting.FileSystemObject");
var xml2 = WScript.createObject("Scripting.FileSystemObject");

var dir = WScript.createObject("WScript.Shell");
var curdir = dir.currentDirectory + "\\";
var fld = fso.getFolder(curdir);

var file1 = "Users.xml";
var file2 = "data.xml";

var xmlfile1 = xml1.openTextFile(fld + "\\" + file1, 1 );
var xmlfile2 = xml2.openTextFile(fld + "\\" + file2, 2 ,true);

var r1 = /<users>/g;
var r2 = /<.users>/g;

var xmldata1, xmldata2, xmldata3;

while (!xmlfile1.atEndOfStream) {
       xmldata1 = xmlfile1.readLine();
       xmldata2 = xmldata1;

       if (r1.test(xmldata1)) {
            while (!r2.test(xmldata1)) {
                 xmldata1 = xmlfile1.skipLine();
            }
       }
       else if (r2.test(xmldata1)) xmlfile1.skipLine();
       else xmlfile2.writeLine(xmldata2);

}

xmlfile2.close();
xmlfile1.close();

<?xml version="1.0" encoding="Windows-1251"?>
<domain>
<!-- Руководство -->
 <managers>
  <directors>
   <director>
   <users>
    <user>
     <fio>Иванов Иван Иванович</fio>
     <age> 50 </age>
    </user>
    </users>
   </director>
  </directors>
  <zamy>
   <zam>
   <users>
    <user>
     <fio>Петров Петр Петрович</fio>
     <age> 56 </age>
    </user>
   </users>
   </zam>
   <zam>
   <users>
    <user>
     <fio>Сидоров Сидор Сидорович</fio>
     <age> 47 </age>
    </user>
   </users>
   </zam>
  </zamy>
 </managers>
<!-- Подчиненные -->
 <employees>
  <users><user>Андреев Андрей Андреевич</user></users>
  <users><user>Алексеев Алексей Алексеевич</user></users>
  <users><user>Сергеев Сергей Сергеевич</user></users>
 </employees>
</domain>