X11И непонятно, в какой папке этот файл создавать

открываешь полностью структуру src и там кликаешь правой кнопкой и создаешь класс.
ручками создавай классы, в жопу эти визарды.
что в еклипсе, что в android студио можно писать все ручками. вплоть до верстки, что я и делаю.

можешь создать пакеты, по сути это просто каталоги.

по поводу глючности не могу сказать, я что то тот визард не видел.

да простоя привык, в еклипсе оно глючное,

иногда проще ручками, чем мышкой набрасывать элементы.