funky_max,

Попробуйте поместить этот код на вашу страницу для которой хотите назначить мастер пэйдж (при этом в шарапоинт дизайнере ваш мастер пейдж должен быть дефолтным)

<script runat="server">
protected override void OnPreInit(EventArgs e)
{
base.OnInit(e);
SPWeb Web = SPControl.GetContextWeb(Context);
this.MasterPageFile = Web.MasterUrl;
}
</script>

а вообще странно, по пути C:\Program Files\Common Files\microsoft shared\Web Server Extensions\12\TEMPLATE\LAYOUTS
куда вы собственно и ссылаетесь должен лежать ваш файл application.master, если конешно вы его не удалили случайно...